Flaggskepparen ledde manskapet ombord

En flaggskeppare var en befattning i den seglande örlogsflottan. Flaggskepparen ledde manskapet på ett örlogsfartyg i det dagliga arbetet på däck och i riggen – det arbete som krävdes för segling och andra manövrer. Flaggskepparen var också ansvarig för vård av segel, tackling och liknande utrustning. Flaggskepparen hörde till underofficerarna. Under åren 1762-1823 såg en av befordringsgångarna för örlogsflottans underofficerare ut så här: Högbåtsman, underskeppare, överskeppare, kungl. flaggskeppare.

Flaggskepp kallas det fartyg som den högste befälhavaren över en flotta eller eskader har embarkerat och från vilket han utövar sitt befäl. 

I Röda Rummet, August Strindbergs berömda genombrottsroman från 1879, finns följande att läsa:
”Ygberg, som slumrat under hela tiden, vaknade nu och gjorde sig i ordning att följa med Falk ut. Genom det öppna fönstret hördes ännu en gång fru Homans röst:
– Vad menade hon med flaggskeppare? Din far är ju kapten?
– Han kallas så! För övrigt är skeppare och kapten detsamma! Det vet du ju! Tycker du inte att det var ett oförskämt pack det där. Dit går jag aldrig mer! Men det blir en bra rapport, det blir det! Kör till Hasselbacken!”